Open Science Awardについて

オープン・サイエンス・アワードは、国内の生命医学分野におけるオープンな成果物をコミュニティによる投票を元に表彰する企画です。論文として発表されていない、あるいはされにくいけれど、日々の研究活動をサポートしてくれるデータベース・ソフトウェア・ウェブサイトを募り、オンラインでコミュニティによる投票を行い、得票の多いプロダクトを学会のセッションで表彰します。プロダクトのノミネートおよび投票は、学生/研究者、ウェット/ドライ、アカデミック/ビジネスを問わずにどなたでも参加できます。自薦・他薦を問いませんので、自身のプロダクトの宣伝も兼ねたノミネートもどうぞ。


生命医薬情報学連合大会でセッションを開催します

第二回となる今回は、仙台国際センターで行われる生命医薬情報学連合大会において、表彰および開発者をお招きして講演を依頼するセッションを10月3日(木)に開催します。学会員/非会員、学会への参加不参加を問わずノミネートと投票にご参加頂けますが、お時間のある方は是非セッションにご参加ください(セッションへの参加には連合大会への参加登録が必要です)。


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また、イベントを盛り上げるためにご協力頂けるスポンサーも募集しています。表彰される開発者へのプライズをご提供頂ければ、イベントサイト上でのバナーの掲載とセッションでの御礼と簡単なご紹介をさせて頂きます。ご覧の企業の方は、ぜひご検討ください。ご連絡はこちらまで。


投票は終了しました

現在、投票は終了しています。投票の結果はトップページからご覧いただけます。


Database部門


Biomasspedia

セマンティック・ウェブ技術を利用し、バイオマスを対象とした論文、データ、政府統計情報や地理的情報をLODとして公開

developed by: 込山悠介さん@東大

BrainStars

成体マウスの様々な脳領域における遺伝子発現を包括的に解析したデータを公開している

developed by: 粕川雄也さん@理研

coxpresdb/atted

Special Recognition 2013

DNAマイクロアレイの結果から計算された、様々な実験条件での遺伝子の共発現をデータベース化。ヒトから酵母までの11生物種に対応

developed by: 大林武さん@東北大


CyanoBase

かずさDNA研究所で解読したシアノバクテリアを含む、37種類の藍藻、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果と文献から収集したアノテーションを収録

developed by: 藤澤貴智さん@遺伝研ほか

dbTSS

ヒトの転写開始点(TSS)のデータベース。TSS-Seq法で実験的に検証したデータを公開。ENCODEデータも組み込んでいる

developed by: 山下理宇さん@東北大

H-DBAS

H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング(alternative splicing; AS)のデータベース

developed by: 武田淳一さん@産総研


kaikobase

農業生物資源研究所による、カイコゲノム情報のデータベース。最近完全長cDNA情報が追加された

developed by: 農業生物資源研究所

KOMICS

メタボロミクスに関してかずさDNA研究所で開発された質量分析のデータベースや解析ソフトウェアを取りまとめたポータルサイト

developed by: 櫻井望さん@かずさDNA研

MBGD

微生物の比較ゲノム解析結果を収録したデータベース。約600の生物種、約200万の遺伝子に加え、数十億件におよぶそれら遺伝子間のホモロジーデータが登録されている

developed by: 内山郁夫さん@基生研


PosMed

任意のキーワードから、対応する遺伝子、染色体領域、生体内相互作用を推論し検索結果をランキング、文献情報とともに出力する

developed by: 豊田哲郎さん@理研

R graphical manual

2nd prize 2013

R言語のパッケージ全体を対象に、それぞれの関数が持つ機能を可視化するため、各パッケージに同梱されるマニュアルのExampleを全て実行し、その結果をDB化

developed by: 小笠原理さん@遺伝研

TargetMine

創薬ターゲットの絞り込みを支援する統合データウェアハウス。世界の主要な16のライフサイエンス関連データベースを統合的に検索できる

developed by: 水口賢司さん@医薬基盤研


TogoGenome

3rd prize 2013

ゲノム情報をセマンティック・ウェブを用いて統合したデータベース。微生物を中心に2600生物種のゲノム、UniProtのアノテーション、環境や培地などの各種オントロジーを開発・集積

developed by: 岡本忍さん@DBCLSほか

ライフサイエンス辞書プロジェクト

1st prize 2013

ライフサイエンス分野の専門用語・対訳・用法・各種統計情報を分析・収集。例文をもとにした共起検索などもできて、論文を書く時に便利

developed by: 金子周司さん@京大

三橋ノート画像データベース

故 三橋伸治氏によって作成された日本産昆虫に関する文献目録。全476冊、推定99,419項の手描きのノートを画像データベースとして公開している

developed by: 農業環境技術研究所


日本産アリ類画像データベース

1995年公開。日本産アリ類の画像データベースであり、専門知識がなくても使用できる検索方法を用意し、分類専門家以外の一般の人も閲覧しやすい

developed by: 吉村正志さん@宮城教育大ほか

野草・雑草検索図鑑

千葉県立中央博物館の学芸員の方が中心となって作っている野草・雑草のデータベース。形態や名前、分類から検索が可能

developed by: 千葉県立中央博物館・茨城大学教育学部

IDEAL

天然変性タンパク質(IDP)のデータベース。BLASTやXMLでのダウンロードなども提供している

developed by: 太田研@名古屋大


ppdb

シロイヌナズナ、イネ、ヒメツリガネゴケ、ポプラなど植物のプロモーター領域のアノテーションを提供するデータベース。

developed by: 山本研@岐阜大

EMBRYS

マウスの妊娠中期の全胚における遺伝子発現パターンのアノテーションを主としたデータベース。360度様々な角度から見ることができる顕微鏡写真も収録。

developed by: 浅原研@国立成育医療研究センター

KNApSAcK Family

メタボロミクスを中心としたオミックス科学のためのデータベース。生物種-代謝物関係データベースKNApSAck Core、二次代謝物三次元データベース3D、検索エンジンなどを提供。

developed by: 金谷研@NAIST他


UniVIO

イネの植物ホルモンと遺伝子発現のデータベース。

developed by: 榊原研@理研植物化学研究センター

FANTOM5 web resource

ヒトとマウスの様々な細胞・組織からFANTOM5プロジェクトで取得・解析したゲノムワイドな転写開始点活性情報と、その解析結果

developed by: RIKEN CLST/DGT; RIKEN PMI

Colil

PMCオープンアクセスサブセットの全文を対象として、文献の引用情報と、本文中で引用している部分の文脈を格納。ある文献が、他の文献でどのように引用されているのかを簡単に閲覧できる。

developed by: 山本泰智さん@DBCLS


RDFized LSD

ライフサイエンス辞書をRDF化したもの

developed by: 山本泰智さん@DBCLS

新着論文レビューをMeSHで検索

新着論文レビューの記事を、MeSHの階層構造とLSDを用いて日本語によるディレクトリ型検索を可能とする

developed by: 山本泰智さん@DBCLS

MarineGenomicsDB

主に海産無脊椎動物のオリジナルゲノムデータのデータベース。オリジナルのゲノム解読データ以外に独自のアノテーションデータの作成も行っている。

developed by: marinegenomicsdb@OIST


Software部門


Allie

生命科学分野において利用されている略語とその展開形を検索するサービス。MEDLINE®に含まれる全ての題目と要旨を対象として略語とその展開形を検索できる

developed by: 山本泰智さん@DBCLS

BaseSpace Ruby SDK

イルミナのクラウド環境BaseSpaceにアクセスし、MiSeqやHiSeqから出力されたデータを解析するアプリケーションをRuby言語で開発するためのライブラリ。オープンソースで公開、2013/8にイルミナ社からも正式採用

developed by: 片山俊明さん@DBCLSほか

Bioconductor Code Search for Package Developers

BioConductorパッケージのソースコードを全文検索するWebアプリケーション

developed by: 二階堂愛さん@理研


BioRuby

2nd prize 2013

バイオインフォマティクスの各種データベース・解析ツール・ウェブサービスを利用するためのRuby言語用ライブラリ。Open Bio*の中では唯一の国産から始まった国際プロジェクト

developed by: 後藤直久さん@阪大ほか

CellDesigner

化学反応、転写、翻訳、複合体生成などのネットワークを計算機内に再構築したモデルを書き下ろすためのソフトウェア。モデルを数値計算して、時間的変化をグラフ化することも

developed by: 舟橋啓さん@慶應大

Chrovis

クラウド環境を用いたゲノムブラウザとNGS解析のためのプラットフォーム。まだ開発中のため詳細不明だがNGS現場の会ですっきりしたデザインのデモ版が展示された

developed by: 西村邦裕さん@テンクー


DBCLS SRA Metadata Search code: Soylatte

公共NGSデータベースSRAに登録されたデータを生物種・解析タイプ・シーケンサーの種類などでファセット検索するためのウェブインターフェース。データに関連する論文の全文検索エンジンを搭載

developed by: 大田達郎さん@DBCLS

G-language System

さまざまなゲノム解析を高速かつ効率的に行うためのツールキット。すべてをPerl言語モジュールとして提供

developed by: 荒川和晴さん@慶應大

GENIES

教師付きネットワーク推定により遺伝子ネットワークを予測。出力として予測された遺伝子ペアのリストや、KEGG PATHWAY上へのマッピングなどが可能

developed by: 小寺正明さん@京大


genoDive

ゲノムを3次元表示する超絶美麗超高速3Dゲノムブラウザ。DASからデータを取得しGoogle Earthで見る地球のようにゲノムを俯瞰。2008年に開発されるも時代を先取りしすぎていた感あり。TogoGenomeと連携予定

developed by: 岡本忍さん@DBCLS

Genome Matcher

比較ゲノムツール。2つのゲノムをbl2seq, blastall, MUMmerなどで比較解析し、SNPや組み替えシンテニー領域等を様々なレイアウトで可視化。アノテーションの参照や解析用の付属機能が豊富

developed by: 大坪嘉行さん@東北大

GenomeJack

三菱スペースソフトウエアによる大規模データでもサクサク動くゲノムブラウザ。フリー版と解析機能のついた商用版がある

developed by: 三菱スペースソフトウエア


GGGenome

1st prize 2013

ゲノム等の塩基配列を超高速に検索するウェブサービス。BLASTで検出できないような短い配列に対応し、数塩基のミスマッチ・挿入・欠失を許容した配列検索が可能

developed by: 内藤雄樹さん@DBCLS

inMeXes

PubMed/MEDLINE®に含まれる書誌情報のタイトルやアブストラクトから英語表現をインクリメンタルに検索できる。ある動詞の後に続く適切な前置詞の検索や、ある単語の前後にどういう語がくることが多いかなどの検索ができ、英文書きに重宝する

developed by: 山本泰智さん@DBCLS

iPathways

CellDesignerで作ったパスウェイにiPadやiPhoneなどからアクセス、ブラウジングできるiOSネイティブアプリケーション

developed by: SBI


Local Package Manager

Special Recognition 2013

外部スパコンなどのroot権限を持てない環境でも、コンパイラgccからNGS解析アプリまで各種ソフトウェアのインストールを簡単に行うためのパッケージ

developed by: 笠原雅弘さん@東大

MAFFT

3rd prize 2013

最高精度のマルチプルアラインメントを行うソフトウェア。ニーズに合わせて正確さや速度の異なる複数のメソッドが実装されており、国際的にも高い評価を得ている

developed by: 加藤和貴さん@CBRC/九大

MEGA

DNA・タンパク質配列の系統解析ソフトウェア。シークエンサーのファイル(ab1, abi, scfなど)も直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できる。サイト毎のトリミングなど、配列データの詳細な編集も可能

developed by: 田村浩一郎さん@首都大学東京


Murasaki

全ゲノム規模でのマルチプルアライメントを高速・省メモリで実現するgapped seedを用いた比較ゲノム解析ツール。関連する可視化GUIを利用することによりさまざまな解析が可能

developed by: Kris Popendorfさん@慶應大ほか

PathPred

メタボロームデータから予測される反応分類や既知の化合物ペアの情報を利用し、化合物を入力するとそれがどのように代謝されるか自動的に多段階予測を行う

developed by: 守屋勇樹さん@京大

Platanus genome assembler

真核生物サイズにも対応できるゲノムアセンブラ。K-merの値をシフトした何種類かのアセンブルを組み合わせた上でscaffoldingするのが特徴

developed by: 梶谷嶺さん@東工大


QUMA

バイサルファイト配列の解析ツール。アラインメント、CpGメチル化状態の判定、図の作成が短時間で行える

developed by: 熊木勇一さん@京大

Ruby UCSC API

UCSCゲノムブラウザへのアクセスを容易にするAPIをBioRubyのプラグインとして実装。ローカルにデータをコピーしたMySQLサーバでも使える。これを内蔵したTogoWSでREST APIからも利用可能に

developed by: 三嶋博之さん@長崎大

Samscope

リファレンスが数万件あるようなドラフト/メタなマッピングの結果も一枚のキャンバスに表示できる、SAM/BAMファイルビューワー

developed by: Kris Popendorfさん@慶應大ほか


SPRAI

PacBio RSシステムによるシーケンスリードのエラー修正を行うツール。NGS現場の会での新規ゲノムアセンブル企画で実績あり

developed by: 今井飛将さん@東大

TCC

RNA-Seqカウントデータの正規化手法の一つであるTbT法を行うためのR言語パッケージ。edgeR/DESeq/baySeq/EBSeqと組み合わせて使用できる。

developed by: 門田幸二さん@東大

TogoDB

表形式のデータからライフサイエンスのデータベースを容易に構築できるサービス。柔軟なカスタマイズが可能で、充実した検索機能やブラウズ機能を提供。他サイトへの埋め込みやセマンティック・ウェブにも対応

developed by: 片山俊明さん@DBCLS


TogoWS

NCBI, UCSC, EBI, KEGG, DDBJ, PDBなど国内外の主要なデータベースエントリの検索と取得に対応。エントリのパースやフォーマット変換にも対応し、JSONやTurtle形式でのデータ取得もREST APIのURL指定だけで可能

developed by: 片山俊明さん@DBCLSほか

UTGB Toolkit

ウェブブラウザで動くゲノムブラウザを開発するためのツールキット。メダカゲノムなど、独自のゲノムプロジェクトでカスタマイズしたい場合に活用されている

developed by: 斉藤太郎さん@東大

difff «デュフフ»

2つのテキストの差分を可視化してくれるウェブツール。某コピペ論文案件で大ブレイクしたが、誰にでも使いやすいシンプルなインターフェースが好評で愛用者も多い。

developed by: 内藤雄樹さん@DBCLS


ピタゴラギャラクシー

複数のNGS解析ワークフローがセットアップされた状態のGalaxyをすぐに使える仮想環境(VM)が共有されている。ドキュメンテーションやテストサイトも。

developed by: 芦崎晃一さん@理研

aLeaves

遺伝子配列リソース横断的にホモロジーのある配列セットを用意するツール。

developed by: 工樂樹洋さん@理研

DINIES

医薬品とターゲットの関係を化合物構造、ゲノム情報、薬 効データから予測するツール。

developed by: 山西芳裕さん@九大


TogoTable

遺伝子名や遺伝子IDのリストや表を入力として与えると、複数のデータベースのIDやアノテーションを関連付けることができる。RDF化されたDBを利用することで効率よいアノテーション情報の収集が可能。

developed by: 河野信さん@DBCLS

Toxygates

トキシコゲノミクス(Open TG-Gates)のデータの検索やデータを利用した解析を行うためのツール。

developed by: 水口研@医薬基盤研

TASUKE multiple genome browser

リシークエンスデータを可視化するためのツール。変異やdepth、アノテーションの表示にも対応している。

developed by: 熊谷雅彦さん@生物研


MICAN

タンパク質構造解析のための構造アラインメントツール。配列順序に捕われずにアラインメントを行うアルゴリズムを採用。

developed by: 千見寺浄慈さん@名古屋大

ECOH

MCS アルゴリズムと相互情報量を用いEC番号の推定を行うツール。

developed by: 遠里由佳子さん@立命館大

Klab tools

笠原研で開発されているツールセット。FASTA/FASTQを操作するfattなど便利なツールが多数公開されている。

developed by: 笠原雅弘さん@東大


MutMap

NGSを用いて突然変異体の原因遺伝子を同定するための解析パイプライン。リファレンスとは異なる生物品種においてde novo assemblyを用いた遺伝子同定を行うMutMap-Gapなども。

developed by: 高木宏樹さん@岩手生工研


Web部門


Bioinformaticsのお勉強

Unixサーバのセッティングや、バイオインフォマティクスのメモ

developed by: 今鉄男さん@三重大

BioPapyrus

RNA-Seqデータを解析するR言語のパッケージを主に紹介している

developed by: 孫建強さん@東大

NGS Surfer's Wiki

Special Recognition 2013

NGS解析ツールのインストール方法や使用方法に関するwiki。トラブルシューティングに関する情報が充実

developed by: 藤井信之さん@遺伝研


Payao

遺伝子制御、生化学ネットワークなどのモデルに対してコミュニティでタグ付けするためのシステム

developed by: 松岡由希子さん@SBI

ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

遺伝学・遺伝統計学の研究メモ

developed by: 山田亮さん@京大

Rで塩基配列解析/Rでマイクロアレイデータ解析

2nd prize 2013

R言語でのトランスクリプトーム解析の方法がまとめられている。サンプルコードが豊富

developed by: 門田幸二さん@東大


script of bioinformatics

バイオインフォマティクスの研究で利用するLinux, R言語, Perl言語などのスクリプト集

developed by: 露崎弘毅さん@理科大

Sequence Read Archive User Reference

NGSの公共DBであるSRAからデータをダウンロードする時に便利な情報がまとめられている

developed by: 大田達郎さん@DBCLS

The Cat Way

NGS解析等の研究メモ。講義資料も掲載

developed by: 二階堂愛さん@理研


Togo Picture Gallary

生物や実験器具などの図を、転載・改変・再利用可能なライセンスで提供。スライドやポスターを作るのに重宝する

developed by: DBCLS 統合牧場 美術制作部

TogoTV

1st prize 2013

ライフサイエンス関連のソフトウェアの使い方を動画で解説。ウェブサイトやツールがアップデートされると動画もアップデートされる。学会やシンポジウムでの講演動画も公開

developed by: DBCLS 統合牧場 番組制作部

Wolfeyes Bioinformatics beta

NGS解析ソフトウェアのインストールや統計モデリングのメモ

developed by: 奥田裕樹さん@奈良先端大


お家でできるMac Bookでやる次世代シーケンスデータ解析

MacでNGS解析を行う方法を初心者でも分かりやすい形で解説したおそらく業界初の個人による電子書籍。無料

developed by: 緒方法親さん@日本バイオデータ

したっぱ昆虫細胞研究者のメモ

昆虫のゲノミクスに関する、wet実験、データ解析、論文などの紹介を行っている

developed by: 緒方法親さん@日本バイオデータ

ショートリードの憂鬱

Illumina, SOLID, 454のデータ解析に関する情報を提供している

developed by: 大崎研さん@トミーデジタルバイオロジー


パックマンの挑戦

Pac Bio RSシーケンサのニュースや技術的な情報を提供している

developed by: 大崎研さん@トミーデジタルバイオロジー

ほくそ笑む

統計解析、機械学習、次世代シーケンサ、マイクロアレイ、R言語、Java言語のメモ

developed by: hoxo_mさん

ライフサイエンス 新着論文レビュー

3rd prize 2013

トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文の著者自身による日本語レビューを、だれでも自由に閲覧・利用できる形でいち早く公開

developed by: 飯田啓介さん@DBCLS


ライフサイエンス 領域融合レビュー

生命科学において注目される分野・学問領域における最新の研究成果について、第一線の研究者の執筆による日本語のレビューを、だれでも自由に閲覧・利用できる形で、無料で公開

developed by: 飯田啓介さん@DBCLS

ライフサイエンスQA(β)

ライフサイエンス研究にまつわる疑問や質問、それらへの回答を共有するQAサイト

developed by: DBCLS

井上潤のホームページ

配列データで系統解析をする際に利用するソフトウェアを多数紹介している

developed by: 井上潤さん@OIST


ぼうのブログ

コマンドラインを使った配列解析について記事多数。NGS解析やマイクロアレイ解析に関連する記事も。

developed by: 坊農秀雅さん@DBCLS

mesoの実験ノート

difffの作者として名高い内藤さんのBlog。自身の開発されたツールのドキュメント他、東大理学部での学生実習の内容もまとめられています。

developed by: 内藤雄樹さん@DBCLS

MotDB

DBCLSが主催/共催したバイオインフォマティクス講習会のログを閲覧できるサイト。動画コンテンツへのリンクや、講習会で利用したスライドなどの資料なども多い。

developed by: DBCLS


KBY no PAGE

被子植物およびシダ類の進化について、最新の知見を分かりやすく解説する。

developed by: 壁谷幸子さんと長谷部光泰さん@基礎生物学研究所